Die Veröffentlichung dieses Buches brachte Kepler europäischen Ruhm ein. Seine Ergebnisse wurden jedoch nicht von allen anerkannt – zum Beispiel wurden sie von dem großen Galilei nicht akzeptiert (und vielleicht auch nicht verstanden). Aber das ist das Schicksal fast aller großen Entdeckungen.

Und das Leben ging weiter – und nicht immer erfolgreich. Seine Frau starb und ließ Kepler mit zwei kleinen Kindern zurück. Kurz zuvor war Keplers Gönner Rudolf II. vom Thron gestürzt worden. Das Verhältnis zu den lutherischen Priestern, die ihn verdächtigten, mit dem Calvinismus zu sympathisieren, wurde kompliziert. Deshalb konnte Kepler in Württemberg, wohin er zurückkehren wollte, keine Anstellung finden. Nach langwierigen Verhandlungen wurde Kepler eine Stelle als Mathematiker in Linz, der Hauptstadt Oberösterreichs, angeboten, unter der Bedingung, dass er weiterhin an Tabellen der Planetenbewegungen arbeiten und sich mit der lokalen Kartographie beschäftigen würde. Kepler zog 1612 nach Linz und lebte dort 14,5 Jahre lang. Dort heiratete er erneut, und seine Frau gebar ihm sieben Kinder.

In die Lebensjahre in Linz fiel ein langwieriger Prozess wegen der Beschuldigung von Keplers Mutter der Hexerei, und ihre Verteidigung raubte dem Gelehrten viel Gesundheit und geistige Kraft. Außerdem begann im Frühjahr 1618 der Dreißigjährige Krieg, der schließlich auch Oberösterreich überrollte.

Aber Kepler arbeitete – und wie er arbeitete! Im Jahr 1619 veröffentlichte er sein Lieblingswerk, die Fünf Bücher der Harmonie der Welt. Es sagt wenig über Astronomie aus, mehr über Geometrie und Philosophie. Auf den Seiten dieses Buches erschien jedoch Keplers drittes Gesetz, das er am 15. Mai 1618 entdeckte.

In den Jahren 1617-1621 wurde Keplers umfangreichstes Werk, Sketches of Copernican Astronomy, das erste Lehrbuch der Welt mit einer detaillierten Beschreibung des heliozentrischen Weltmodells, in Teilen veröffentlicht. In diesem Buch werden die Gesetze der Planetenbewegung als allgemeine Prinzipien dargestellt, denen alle Planeten gehorchen, und es werden die Ergebnisse der Berechnungen angegeben, mit denen Kepler die Bahnparameter von Merkur, Venus, Jupiter und Saturn bestimmte. In dieser Monographie taucht zum ersten Mal der Begriff „Trägheit“ auf – allerdings nicht in dem Sinne, der sich nach den Arbeiten von Galilei und Newton entwickelt hatte.

Am Ende seines Aufenthalts in Prag erhielt Kepler nach mühsamen Verhandlungen mit den Erben von Tycho Brahe das gesamte Archiv seiner Beobachtungen zur Verfügung gestellt, und er hatte endlich Gelegenheit, sich intensiv mit der Zusammenstellung astronomischer Tabellen zu befassen, für die er vom verstorbenen Rudolf II. beauftragt wurde. Dieses gewaltige Werk wurde in der zweiten Hälfte des Jahres 1624 abgeschlossen.